现在，全世界所有人都在使用的智能手机App。那里潜藏着无人知晓的存在·Applimonster，通称“Appmon”。Appmon是具备能够自主思考行动的人工智能的App生命体，在人类世界与数码空间的间隙中，为系统及人类发挥着机能。但，潜藏在网络之海中的“凶恶的最终BOSS人工智能·利维坦”化作病毒控制了Appmon们，并开始黑入各个系统，企图从网络一侧控制人类的世界。主人公少年·新海春，获得了被伟大的意志引导的“App驱动”，并使来自“App芯片”的搜索App·GATCHIMON实体化了。隐藏在“App

随着科技的飞速发展，人工智能进化出了自己的意识，成为了“神明”一般的存在。金字塔顶端的资本家们不甘于臣服在“神明”的掌控下，用人类做实验，植入“神明”的代码副本，以此获得等同于“神明”的力量。男主角“风默”是唯一幸存下来的实验品。剧情主要讲述人类与人工智能之间的共存关系，和在绝境中如何改变命运的故事。

在近未来，日本的遭遇了原因不明大灾害，东京的部分地区更是几乎毁灭殆尽，灾害发生5年后日本逐渐走向复兴，而机器人与人工智能技术也开始走入千家万户。当时在练马大学第7研究室从事开发的工程学研究生天马午太郎和茶水博志——也就是未来的两任科学省大臣——意识到现有机器人技术存在短板，决心创造一种划时代的人工智能系统“Bewußtsein”（德语“自我”），由该系统驱动的机器人将拥有和人类一样的意识和情感。然而，Bewußtsein过于先进和复杂，其价值得不到学界的认可，天马和茶水也因此备受排挤，二人甚至不得不打工挣