帕德公爵和安的双亲为了保护圣灵之冠与盗冠者玛蒙展开大战。为了彻底打败强大的玛蒙，安的双亲选择把他逼进黑暗空间，由帕德公爵负责封印时空之门，同时也封印了安。安历经艰辛终于战胜了他的影子，并达到天人合一的

因为双亲被杀，特尔（堂本光一 配音）和弟弟莱伊（高山南 配音）被放逐到了危险的兽王星上，这是一个被女性统治的星球。在这里，居民按肤色被分为“茶”“白”“黄”“黑”四“轮”，而每轮都有三位领袖人物，

名为武士之人尚还存在的江户之世。 有一个人称百人斩的【不死身】男人。 这个男人名叫「万次」。 万次，与父母被杀、立誓复仇的少女「凛」相遇了。 凛拜托万次在自己的复仇之旅中做保镖。 万次虽然一开始拒绝，但他在凛身上看到了自己死去妹妹的面容。 看着独自一人过于危险的凛，他不得已决定助她一臂之力。 但凛的仇敌，是穷究剑道的集团逸刀流。 这也意味着一场连不死身的万次都被逼入绝境的凄绝死战开始了。

《全能高手 第2季》延续了《全能高手》精彩的故事与丰富的想象力：少年秦墨为寻双亲被害真相，踏出间荒禁地，誓要成为全能高手！