美丽端庄的伊织（伊藤静 配音）是学校里的风云人物，甚至有狂热的粉丝在学校里专门为她组织了“后援会”。这样的伊织自然也吸引了一贵（野村胜人 配音）的注意，但一贵自知平凡无奇，选择了将感情深深地埋藏在

男主角海神航，是一个麻木不仁、只为学业奋斗的少年。故事一开始在烦嚣的东京，正是考试放榜的日子，航和他的同窗兼朋友灿绪去看成绩，一心想着胜利是理所当然的他，却发现榜上没有他的编号！原来是因为选错多项选择

从各个方面看来，就读于白城学院高中部的绫濑裕人（羽多野涉配音）都是一个极其普通的男生。长相普通、成绩普通、运动普通，甚至于对女孩子的品味也很普通。因此，当同班同学兼校园偶像的超完美大小姐乃木板春香（能登麻美子配音）出现在他的面前时，裕人并未被春香的魅力所折服，正相反，他觉得这个各方面都十分优秀的女生总是有种说不出的怪异。裕人的直觉十分敏锐，在一次偶然中，他发现了春香的秘密。原来，这个外表高贵的千金居然是一个不折不扣的御宅族，而春香和她那一拨古怪的朋友们的兴趣，居然是制作魔法少女相关的同人作品！这个秘密迅速

妹妹公主RePure是一些小情节故事的合集，每一话由两个部分组成，第一部分是一个独立的小故事，第二部分是以12个姐妹中的一个的为主题的短故事。