奈叶（田村由香里配音）本是一位平凡的小学三年级女生，却因为意外遇见了来自异世界的尤诺而成为了魔法少女，投入到了争夺遗产的战斗之中。在上一次事件结束之后，奈叶告别了与之结下深厚友谊的菲特（水树奈奈配音），重新回归了平静的日常生活，接受着魔力训练，以防备敌人的下一轮猛烈袭击。某日，一个神秘的魔法结界出现在了海鸣市的上空，这不寻常的现象吸引了奈叶的注意。果不其然，奈叶遭到了红发魔法少女维塔（真田麻美配音）的攻击，让奈叶没有想到的是，维塔竟然一下子就破坏了奈叶坚固的防御。所幸菲特及时出现，奈叶才幸免于难，而维塔的

原案となっているのは、『世にも奇妙な物語』で飯田譲治脚本&演出で放送された「常識酒場」「トラブル・カフェ」である。このときの兄弟を演じているのは、霧原直人に今井雅之、霧原直也に東根作寿英である。「常識酒場」のストーリーは、そのまま第1話に流用された。後に今井雅之は、テレビ番組の好評を受けて製作されたスペシャル番組「NIGHTHEADTHEOTHERSIDE」（後述）で主演の刑事を演じている。ある研究所に隔離されていた霧原兄弟がそこを飛び出すところから物語は始まる。ストーリーは霧原兄